Portugalinvesikoira on hyvin vanha koirarotu. Portugalinvesikoiran kantamuodon uskotaan levinneen foinikialaisten mukana Mesopotamiasta ympäri maailmaa, myös Pyreneitten niemimaalle. Sielä se historian eri vaiheissa sekoittui paikallisiin koirakantoihin ja kehittyi vesityöskentelyyn erikoistuneeksi roduksi. Rooman vallan aikana tunnettiin silloinen Canis Aquaticus - vesikoira, josta käytettiin myös nimeä "spagnuolus", espanjalainen (Portugali erottui itsenäiseksi alueeksi 1100-luvulla).

Portugalinvesikoiraa pidetään muiden vesikoirien kantarotuna, sillä on yhteisiä sukujuuria villakoiran ja barbetin kanssa sekä sen uskotaan kulkeutuneen  keskiajalla vilkkaan laivaliikenteen mukana Englannin kanaalin kummallekin rannalle muodostaen pohjan spanielityyppisille koirille.

Portugalinvesikoira oli työkoira, merenkulkijan ja kalastajan tärkeä apulainen: se siirteli verkkoja, otti kiinni karkaavia kaloja uimalla ja sukeltamalla, kuljetti viestejä ja tavaraa veneestä toiseen sekä maalta veneisiin myös ruokaa ja juomavettä. Työskennellessään sitä auttoivat räpyläjalat sekä sukeltamisen mahdollistava läppä nielussa. Portugalinvesikoira myös vartioi isäntänsä omaisuutta ja toimi noutavana lintukoirana metsästyksessä. Monipuolisessa työssään portugalinvesikoira tarvitsi tottelevaisuuden ja isäntäuskollisuuden lisäksi sitkeyttä ja kykyä itsenäiseen päätöksentekoon. Nämä luonteenpiirteet näkyvät rodussa yhä.  

Uusi teknologia oli koitua rodun kohtaloksi: kalastuksen koneellistuessa ja siirtyessä suuriin yksiköihin ei vesikoiria enää tarvittu. Portugalinvesikoiria oli aikaisemmin laajalti Pyreneitten niemimaan satamissa ja kalastajakylissä, mutta 1900-luvun alkupuolella alkuperäistehtävässään työskentelevät portugalinvesikoirat olivat jo harvassa. Rotu saatiin pelastettua viime hetkessä muutaman kiinnostuneen henkilön toimesta, jotka etsivät käsiinsä kalastajien koiria systemaattista jalostustyötä varten. Ensimmäinen rekisteröity portugalinvesikoirapentue syntyi vuonna 1937 Algarbiorum-kenneliin.