Yhdistyksen pyörittämiseen tarvitaan lukematon määrä ihmisiä. Hallitus valitsee tarpeelliseksi katsomansa toimihenkilöt ja määrää heidän tehtävänsä. Hallituksen alaisia toimihenkilöitä ovat mm. jäsensihteeri ja rahastonhoitaja.

Vesikoirat ry:ssä on lisäksi erilaisia toimikuntia, jotka vastaavat omasta alueestaan, esim. lehtitoimikunta huolehtii yhdistyksen lehden Vesipostin ilmestymisestä.