Portugalinvesikoira on hyvin vanha koirarotu. Portugalinvesikoiran kantamuodon uskotaan levinneen foinikialaisten kauppiaiden mukana Mesopotamiasta ympäri maailmaa, myös Pyreneitten niemimaalle. Siellä se historian eri vaiheissa sekoittui paikallisiin koirakantoihin ja kehittyi vesityöskentelyyn erikoistuneeksi roduksi. Portugali eli suolantuotannosta ja kalastuksesta ja hallitsi kaupankäyntiä 1300-luvulta 1400-luvulle saakka Pohjois-Euroopan merillä. Vesikoirien uskotaan silloin kulkeutuneen kauppiaiden ja laivojen mukana Englannin kanaalin kummallekin rannalle muodostaen pohjan spanielityyppisille koirille.

Portugalinvesikoira oli työkoira, merenkulkijan ja kalastajan tärkeä apulainen. Se veti verkkoja, sukelsi veneestä pudonneita esineitä ja verkosta karanneita kaloja, sekä paikallisti kalaparvien sijainnin. Portugalinvesikoiran alkuperäisiin tehtäviin kuului myös viestien, juomaveden ja ruuan kuljettaminen uimalla veneestä toiseen sekä rannan ja veneen välillä. Satamissa ne vartioivat saalista ja omaisuutta. Maalla niitä on käytetty apuna metsästyksessä. Muinaista perintöä ovat niiden noutamistaipumus ja uintikyky, kuten myös sukeltaminen noudettaessa mereen tippuneita esineitä tai verkosta karanneita kaloja. Veneissä asuminen ja ankarissa olosuhteissa työskentely on vaatinut suurta sopeutumiskykyä. Kaikkeen tähän työhön on pystynyt vain älykäs, atleettinen ja itsenäinen koira, joka teki päätöksiä paineen alaisena ja päätti tehtävänsä ilman avustusta.

Uusi kalastusteknologia oli koitua rodun kohtaloksi: kalastuksen koneellistuessa ja siirtyessä suuriin yksiköihin ei vesikoiria enää tarvittu aluksilla. Portugalinvesikoiria oli aikaisemmin laajalti Pyreneitten niemimaan satamissa ja kalastajakylissä. 1900-luvun alkupuolella alkuperäistehtävässään työskenteleviä portugalinvesikoiria oli enää hyvin vähän. Rotu saatiin pelastettua viime hetkessä muutaman kiinnostuneen henkilön toimesta, jotka etsivät käsiinsä kalastajien koiria systemaattista jalostustyötä varten.

Ensimmäinen rekisteröity portugalinvesikoirapentue syntyi Portugalissa vuonna 1937 Algarbiorum-kenneliin. Rodun ensimmäinen rotumääritelmä julkaistiin vuonna 1938. Rotu hyväksytiin FCI:n alaiseksi roduksi vuonna 1951. Ensimmäinen portugalinvesikoira tuotiin Suomeen vuonna 1989.